Objectiu del web

Facilitar de forma pública i transparent el seguiment epidemiològic de la pandèmia de la COVID-19 mitjançant la monitorització dels indicadors clau definits en el pla de control de la transmissió de la COVID-19 a Catalunya.

Justificació de conceptes clau

A continuació explicarem 4 conceptes que fem servir en tots els indicadors i justificarem el perquè.

Usem els casos COVID-19 confirmats per PCR/TA per al seguiment epidemiològic

Primer de tot, els casos de COVID-19 confirmats per fer un seguiment epidemiològic són exclusivament els confirmats per PCR/TA, ja que la PCR/TA+ ens indica que és un cas actiu i pel seguiment epidemiològic és important la data en què s’inicia el cas.

No usem els casos COVID-19 confirmats per testos ràpids serològics o per ELISA

En segon lloc, i com a conseqüència del primer, no usarem per al seguiment epidemiològic els tests serològics ni les proves ELISA que s’han fet per als estudis de seroprevalença, perquè la informació que ens donen és l’estat immunològic de la persona, però es desconeix en quina data aquell cas va ser actiu. No es poden imputar aquestes proves a la data de realització ja que ens donarien una falsa sensació d’augment de casos quan és el contrari, són persones ja immunitzades i que han estat casos en el passat.

Hem de diferenciar el seguiment segons si la població és general o de residència

I en tercer lloc és important diferenciar dues poblacions, la general i la de residències, ja que el seu comportament epidemiològic és totalment diferent, com es va poder veure en la primera onada. Per una banda, la població general viu en la comunitat i es relaciona i mou d’una determinada manera; les persones ingressades en residències geriàtriques, viuen en comunitats molt tancades i en llocs molt tancats i la seva mobilitat és molt reduïda. Donades aquestes característiques, no es pot fer el seguiment epidemiològic conjunt de les dues poblacions i és per això que a la web presentem les dades separades.

On imputem la data del cas?

A diferència d'altres fonts, i per motius epidemiològics, imputem l'inici del cas en funció de la data més antiga que disposem ja sigui del diagnóstic de COVID19 de l'Atenció Primària (si hi és) o de la realització de la PCR/TA+, ja que aquestes dues dates ens indiquen l'inici del cas. Veure la definició de cas confirmat per PCR/TA per més detalls.

 

Característiques del web

L'origen de les dades sobre el seguiment epidemiològic de la COVID-19 a Catalunya és  divers i canviant, fent-lo un sistema complexe de sistematitzar i interpretar. Aquest document pretén, per una banda, descriure les fonts de dades, però també per una altra, explicar i ajudar a interpretar les dades i les seves peculiaritats.

Fonts de dades

De cadascuna de les dades i indicadors que trobareu a la web, us especificarem les fonts de dades. Aquí us posem un llistat de totes les fonts de dades que s’estan usant.

FontDescripcióDades que aporta

ECAP (Estació Clínica de l’Atenció Primària)

És la plataforma de la història clínica de l’Atenció Primària de Catalunya. Utilitza els diagnòstics codificats amb CIM10-MC i les variables pròpies.

Malalties respiratòries agudes

Població de residència

Històric de cens hospitalari

Ingressos a hospitals de Catalunya, només disponible des del 29/04/2020

Ingressats

 

Declaració numèrica 

 Declaració numèrica dels llits de crítics ocupats per pacients amb covid  Ingressats a UCI

Registre Sanitari Agregat (RSA) de Salut

Registre centralitzat de PCR/TA del sistema públic de Salut.

PCR

Defuncions

Orfeu

Programa per al registre de PCR/TA, que inicialment es va fer servir per sol·licitar i enregistrar les PCR/TA dels professionals sanitaris i dels cribratges de residències

PCR

Registre central d’assegurats del CatSalut

Registre d’assignacions de les persones als seus equips d’atenció primària

Població

Edat

Gènere

Territori

Aplicatiu pilot cens de residències

Aplicatiu on hi ha el cens actualitzat de persones residents en residències geriàtriques, de moment en fase pilot només en alguns centres

Població de residència

Totes dades han passat per un procés d’anonimització i que per evitar riscos de reidentificació algunes dades s’han generalitzat (l'edat s'ha agregat en grups d'edat) o eliminat (defuncions en territoris que no garantien la confidencialitat de les dades sensibles) en aplicacions tècniques d’anonimització. 

Data d’inici

La recollida de dades s’inicia l’01/03/2020.

Data actualització

Les dades es publiquen al web cada dia al voltant de les 10:00, però s'ha de tenir en compte el següent:

  • Només es mostren les dades fins a 3 dies abans. El motiu és s’explica en l’apartat següent.
  • Tot i que la publicació és a les 10:00, les dades s'actualitzen a les 20h del dia anterior.

Les dades són dinàmiques

Donada la peculiaritat de la situació, les dades poden variar d’un dia a l’altre. És a dir, si mirem una dada avui és X, però si la mirem 24 hores després, pot ser X+3. El motiu de la variació és diferent segons la dada.

Aquí us presentem el llistat, però us ho explicarem en detall en el glossari de cada concepte.

Paràmetre

Motiu

PCR

Quan un professional sanitari demana una PCR, aquesta triga en arribar un temps variable que pot ser hores o dies. La web va incorporant les PCR/TA a mesura que es van rebent els resultats i aquest s’imputa al dia que es va realitzar la prova. Per això el nombre de PCR pot augmentar de forma retrospectiva.

És per aquest motiu que la web només mostra dades fins a 3 dies abans, que és quan ja estan publicades la majoria de PCR, tot i que un nombre variable es poden anar publicant en dies posteriors.

Infeccions respiratòries agudes

A l’hora de fer el diagnòstic a la història clínica, es pot especificar quin és el dia d’inici de la malaltia, que pot ser anterior al dia de l’assistència. És per això que hi pot haver increments del nombre de diagnòstics amb posterioritat a la data.

També pot passar que, després de rebre els resultats d’una prova, es modifiqui el diagnòstic d’infecció respiratòria aguda per un altre. En aquest cas, el nombre d’infeccions respiratòries agudes de la web disminuiria.

Defuncions

Les defuncions poden portar cert retard en la notificació. A la web, les defuncions s’imputen al dia de la defunció i no el dia de la notificació. És per això que poden anar augmentant de forma retrospectiva.

Nivells d’agregació territorial

La navegació per la web es podrà fer a nivell territorial i hem incorporat 2 nivells d’agregació complementaris:

  1. Regió i Àrees de gestió assistencials (AGA): divisió per Regions sanitàries del CatSalut
  2. Comarques: províncies, comarca, municipis de >20.000 habitants i aquells que se n’està fent un seguiment actiu.

Descàrregues

Hi ha les dades diàries i setmanals per AGA o per comarca. Inclouen edat i gènere. Les dades també estan a -3 dies. 

Glossari

A continuació definim els diferents conceptes que s’usen per al càlcul dels indicadors que es construeixen per fer el seguiment epidemiològic de la COVID-19.

Conceptes 

Concepte

Definició

Font

Població

Totes aquelles persones residents a Catalunya.

RCA

Població de residència

Pacients que estan ingressats en una residència geriàtrica. Vénen de 2 fonts diferents:

  • El cens de residències de l’ECAP i RSA
  • El nou aplicatiu en fase pilot on es centralitza el cens de residents

ECAP, RSA, Aplicatiu del cens de residències (pilot)

Infecció respiratòria aguda (IRA)

Es tenen en compte cadascun dels episodis de malaltia respiratòria aguda que es diagnostiquen a l’ECAP.

 

Els codis diagnòstics que es tenen en compte són tots els relacionats amb la COVID-19 (no els contactes) i els codis diagnòstics de les IRA (veure dades complementàries).

ECAP

PCR/TA (Test Antigènic Ràpid)

La prova de la PCR/TA per la detecció del SARS-CoV-2 es pot realitzar a diferents nivells: a l’atenció primària, hospitalària, laboral, salut pública… En la seva gran majoria, estan enregistrades a l’RSA. Des de l’ECAP es recuperen els resultats de les PCR/TA que es fan en l’àmbit privat dels pacients que es visiten a l’atenció primària.

 

Les PCR/TA s’usen en general per confirmar un cas sospitós de COVID-19 o per fer el cribratge dels contactes d’un cas confirmat i per fer-ne el seguiment. El resultat de la prova pot trigar entre unes hores i uns dies en arribar, segons el lloc on es realitza. En la web el resultat de la PCR/TA s’imputa a la data de realització de la prova, i la xifra pot anar augmentant retrospectivament a mesura que es van rebent els resultats dels laboratoris, com ha hem comentat anteriorment.

 

Les PCR/TA s’imputen al territori on està assignat el pacient a l’RCA.

RSA, Orfeu, ECAP

Cas confirmat per PCR/TA

Pacient que té una PCR/TA positiva. La data en què s’imputa el cas és la data d’inici del cas i és la data més antiga entre aquestes dues:

  • La data en què es diagnostica el problema de salut de COVID-19 a l’Atenció Primària, sempre que el diagnòstic sigui 14 dies abans de la PCR/TA
  • La data en què arriba el resultat positiu de la PCR/TA

Si un pacient té més d’un diagnòstic de COVID-19, s’agafa el primer dels últims 14 dies.

Si un pacient té més d’una PCR/TA positiva feta, s’agafa la primera que és la que confirma el cas.

Per l’evolució epidemiològica de la pandèmia, no s’estan tenint en compte els tests serològics per l’estudi de la immunitat poblacional que es va iniciar el 29/06/2020 (variable segons territori).

Veure PCR/TA

ECAP per als diagnòtics de la COVID-19

Cas confirmat

Un cas es pot confirmar per PCR/TA, però també per altres mètodes que no tenim en compte per al seguiment epidemiològic, però que mostrem en l’apartat de situació diària de la població total (inici), el la caixeta de Casos confirmats acumulats.

Els casos es poden confirmar a part de per la PCR/TA per:

  • Epidemiològics: són aquells que un epidemiòleg ha confirmat el cas.
  • Casos probables, ja que tenen una alta probabilitat de ser confirmats.
  • Serològics: ELISA i testos ràpids que ens donen la immunitat del pacient. No els usem per al seguiment epidemiològic perquè no es pot determinar quin és el dia inicial del cas.
 

Ingressats

Nombre de pacients ingressats als hospitals per COVID-19 que hi ha en la última data del període mostrat

Aquests s’imputen al territori on està assignat el pacient a l’RCA.

Històric de cens hospitalari

Ingressats UCI

Nombre de pacients ingressats a la UCI amb COVID-19 en la última data del període mostrat.

Aquests pacients estan inclosos en els ingressats.

Aquests s’imputen al territori on està assignat el pacient a l’RCA.

Històric de cens hospitalari

Defunció

Les defuncions tenen les següents característiques que afecten a les dades que presentem:

  • La data de defunció: la data en què la persona mor.
  • La data de notificació: la data en què es notifica al sistema la data de defunció.
  • El motiu de defunció. 

En el cas de la web COVID, les defuncions s’imputen a la data de defunció, però apareixen a la web per primera vegada el dia de la notificació.

Només es tenen en compte les defuncions relacionades amb la COVID-19: que el motiu del certificat de defunció especifiqui que la persona ha mort a causa de la COVID-19 tingui o no PCR/TA+.

RSA

Dades descriptives

Descripció dels recomptes que apareixen a la web. 

Dades descriptives

Descripció

Mitjana edat

Es la mitjana d’edat de les persones que són cas de COVID-19 confirmat, del període i territori seleccionats.

% Dones

Percentatge de dones dels casos confirmats per PCR/TA de COVID-19.

PCR/TA Fetes

recompte

Total de PCR/TA fetes durant el període seleccionat al territori seleccionat.

Casos confirmats per PCR/TA

recompte

Nombre de casos de COVID-19 confirmats per PCR/TA segons període i territoris seleccionats.

Casos confirmats acumulats

recompte

Total de pacients amb prova diagnòstica positiva per a COVID-19 acumulats des de l’1 de març 2020. S’inclouen els casos confirmats per tests ràpids serològics i ELISA, PCR/TA probable i confirmats epidemiològics.

Pacients ingressats 

recompte

Nombre de pacients COVID-19 ingressats per territori.  

Pacients ingressats a UCI

recompte

Nombre de pacients COVID-19 ingressats a UCI per territori.

Defuncions

recompte

Nombre de pacients amb COVID-19 que han mort per territori i període seleccionats.

Indicadors

Els indicadors els calculem a partir dels conceptes definits en l’apartat anterior. Cadascun té la seva fórmula i en la descripció explicarem les seves peculiaritats per una correcta interpretació.

Indicador

Fórmula

Descripció

Taxa d’infecció respiratòria aguda

al gràfic

(infecció respiratòria aguda/població)×100.000

És l’indicador més precoç que hi ha, ja que no depèn tan directament de la taxa de PCR/TA. Està directament relacionat amb l’activitat de l’Atenció Primària.

Taxa de PCR/TA

(número de PCR/TA/població)×100.000

Ens serveix per comparar el nombre de PCR/TA que s’estan fent entre territoris.

També depèn de la taxa de casos confirmats, ja que com més casos confirmats, més contactes i més PCR/TA fetes.

Taxa de casos confirmats per PCR/TA

(casos confirmats/població)×100.000

Aquesta taxa ens serveix per poder comparar els territoris entre si.

S’ha de tenir en compte que per territoris petits aquesta taxa pot ser inestable. 

Està molt relacionada amb la taxa de PCR/TA ja que com més PCR/TA es fan, més casos es troben.

Comença a ser fiable 3 dies després de la realització de la PCR/TA (explicat a l’apartat ‘Les dades són dinàmiques’).

IA14 (Incidència Acumulada)

(casos confirmats en els últims 14 dies)*100.000

Variació de casos (%)

[(t(-1)-t)/t(-1)]×100

És la variació relativa de la taxa de casos confirmats de COVID-19 per PCR/TA de l’últim període respecte l’anterior.

Ens indica si la taxa ha augmentat (vermell) o disminuït (verd) respecte el període anterior.

% PCR/TA positives

 (total PCR+ o TA+/total PCR o TA)×100

 Proporció de totes les proves PCR/TA realitzades de forma diagnòstica o cribratge (excloent les de seguiment, és a dir les fetes en casos ja coneguts) que obtenen un resultat positiu.Aquest indicador mesura la intensitat amb la que s’està fent una cerca activa de casos mitjançant les estratègies de control de brots i rastreig de contactes.

Com més intensament es busquen casos entre persones assimptomàtiques, més baix serà el percentatge de positius. I a la inversa, si només es fa PCR/TA als casos simptomàtics aquest percentatge serà més alt.

Risc de rebrot o EPG (índex de creixement potencial) 

 Es compon de dos elements:

  • La velocitat de reproducció mitjana dels darrers 7 (ρ7) dies que permet avaluar la velocitat de propagació de la malaltia. La  calculem com el quocient entre la mitjana dels casos confirmats# els últims tres dies respecte els casos confirmats de cinc dies enrere, també com a mitjana de tres dies: ρt = (N(t) + N(t-1) + N(t-2))/(N(t-5)+ N(t-6) + N(t-7)). Posteriorment fem la mitjana dels 7 últims dies.
  • El segon component és la incidència acumulada dels darrers 14 dies (IA14) que es calcula com el nombre de nous casos del dia actual més els casos dels 13 dies anteriors per 100.000 habitants. Aquesta incidència permet estimar quantes persones hi ha amb capacitat de contagiar la malaltia en un moment determinat (casos actius)

L’EPG és el producte dels dos components anteriors:
EPG = ρ7*IA14

#En aquest cas, per fer els càlculs, s’exclouen els pacients ingressats en residències geriàtriques perquè tenen un comportament epidemiològic diferent.

Ens permet valorar el creixement d’una epidèmia.


Mesura els possibles nous casos diagnosticables els propers 14 dies i està relacionat amb la probabilitat d’aparició de nous brots epidèmics.  

S’ha usat la metodologia aportada per Computational Biology and Complex Systems. BIOCOMSC 
 

Velocitat de propagació - Rt Rt = N(t) + N(t-1) + N(t-2) / N(t-5)+ N(t-6) + N(t-7) 

N són els casos confirmats per PCR/TA. 
On cada dia (t) es calcula la mitjana dels últims 7 dies. 
La Rt és un mesura empírica per avaluar la velocitat de propagació d’una epidèmia. És una mesura del nombre mitjà de persones infectades per una persona infecciosa.  

Informació complementària

Codis diagnòstics de COVID-19 a ECAP (CIM10MC + thesaurus)

L’ECAP usa la codificació CIM10MC juntament amb una codificació interna, el Thesaurus, que ens ajuda a adaptar la cerca de termes i la codificació a les necessitats específiques de l’atenció primària. 

  • B97.29 ALTRES TIPUS DE CORONAVIRUS QUE CAUSEN MALALTIES CLASSIFICADES EN UN ALTRE LLOC
  • B34.2 INFECCIÓ PER CORONAVIRUS NO ESPECIFICADA. Aquest fou el codi recomanat abans del’1 de juliol de 2020.
  • B97.21 CORONAVIRUS ASSOCIAT AMB LA SÍNDROME RESPIRATÒRIA AGUDA GREU (SARS) QUE CAUSA MALALTIES CLASSIFICADES EN UN ALTRE LLOC
  • J12.81 PNEUMÒNIA PER CORONAVIRUS ASSOCIAT AMB LA SÍNDROME RESPIRATÒRIA AGUDA GREU (SARS)
  • J12.89 ALTRES TIPUS DE PNEUMÒNIA VÍRICA. Aquest codi no és específic de COVID-19, però s’ha usat com a tal a partir de les recomanacions del CatSalut.
  • U07.1 COVID-19. Aquest fou el codi recomanat pel CatSalut a partir de l’1 de Juliol del 2020.
  • Z20.828 amb thesaurus de SOSPITA DE COVID-19

Codis diagnòstics considerats IRA (CIM10-MC)

Hem seleccionat els codis relacionats amb els termes SNOMED de: Influenza, Adenoviral respiratory disease, Viral respiratory infection, Viral upper respiratory tract infection, Viral lower respiratory infection, Viral pleurisy, y Severe acute respiratory syndrome. I hem exclòs els codis relacionats amb la grip.

Inclouen els diagnòstics de COVID-19 +

  • B25.0 PNEUMONITIS PER CITOMEGALOVIRUS
  • B30.2 FARINGOCONJUNTIVITIS VIRICA
  • B33.4 SÍNDROME PULMONAR (CARDIOPULMONAR) PER HANTAVIRUS
  • J00 RINOFARINGITIS AGUDA [REFREDAT COMÚ]
  • J12 PNEUMÒNIA VÍRICA NO CLASSIFICADA A CAP ALTRE LLOC
  • J12.0 PNEUMÒNIA PER ADENOVIRUS
  • J12.1 PNEUMÒNIA PEL VIRUS RESPIRATORI SINCICIAL
  • J12.2 PNEUMÒNIA PEL VIRUS DE LA PARAINFLUENÇA
  • J12.3 PNEUMÒNIA PEL METAPNEUMOVIRUS HUMÀ
  • J12.8 ALTRES TIPUS DE PNEUMÒNIA VÍRICA
  • J12.9 PNEUMÒNIA VÍRICA NO ESPECIFICADA
  • J20.3 BRONQUITIS AGUDA CAUSADA PER COXSACKIEVIRUS
  • J20.4 BRONQUITIS AGUDA CAUSADA PEL VIRUS DE LA PARAINFLUENÇA
  • J20.5 BRONQUITIS AGUDA CAUSADA PEL VIRUS RESPIRATORI SINCICIAL
  • J20.6 BRONQUITIS AGUDA CAUSADA PER RINOVIRUS
  • J20.7 BRONQUITIS AGUDA CAUSADA PER ECHOVIRUS
  • J21.0 BRONQUIOLITIS AGUDA CAUSADA PEL VIRUS RESPIRATORI SINCICIAL
  • J21.1 BRONQUIOLITIS AGUDA CAUSADA PEL METAPNEUMOVIRUS HUMÀ
  • P23.0 PNEUMÒNIA CONGÈNITA CAUSADA PER AGENT VÍRIC

Data d’actualització del document: 18/11/2020